1. 首先，需要对扣除的费用科目进行记账。在应付职工薪酬科目下记录相应的费用金额，具体科目可以根据扣除的费用来确定。
2. 其次，在应付职工薪酬的银行（现金）科目下记录实际付款的金额。由于支付的金额比原定的薪酬低，因此需要记录实际付款的金额。
3. 最后，在应付职工薪酬科目下添加备注，以便明确扣除的费用科目和金额。
此外，企业实行员工工资扣款的同时，还可以考虑将被扣款的费用分摊到职工的应税收入上。这样可以让职工支付低征税率的税款，也可以减少企业应交的税款，从而降低企业的税负。
通过这种方式，企业可以合理地管理员工工资扣款，并有效地降低税负。这对于企业和职工来说都是有益的。
