首先，他们的主要职责不同。财务总监的职能主要在于监督，而总会计师的职能主要在于管理。总会计师是专业职务，财务总监是行政职务，二者相辅相存。
其次，他们的主要工作内容也有所不同。总会计师是单位行政领导成员，协助单位主要行政领导人工作，对单位主要行政领导负责。凡设置总会计师的单位，在单位行政领导成员中，不设与总会计师职权重叠的副职。财务总监主持公司财务战略规划的制定，为公司经营决策提供依据，并协助总经理制定公司战略。
此外，两者的起源也不同。财务总监制度起源于二战前后，西方国家在国有企业中建立财务总监制，监督总经理及经理层，以避免“内部人控制”，保护所有者的利益。总会计师起源要从建国之初开始，当时的新中国就仿效了苏联公司的经营方式，借鉴了三总师制度：总工程师、总会计师、总经济师。
补充说明一下总会计师的岗位职责： 1. 全面管理企业的财务工作； 2. 管理现金流、贷款、货币兑换及监督信用部，负责管理会计事务、出纳、收人核算业务等； 3. 指导并制定企业财务管理政策及工作程序，负责经济合同的制定与执行； 4. 建立会计系统模块，进行内部控制，定期检查财务工作； 5. 在企业经营活动中控制成本、定价和现金流量，并控制财务预算支出； 6. 监督编制预算表与现金流量报告。
