首先，它们的适用范围不同。预算会计主要适用于各级政府财政部门、各级行政单位和各类事业单位，这些单位的适用对象都具有明显的非营利性，因此也被称为非营利组织会计。而企业财务会计则主要适用于以营利为目的的从事生产经营活动的各类企业。
其次，它们在会计核算的基础方面也存在差异。在预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础；事业单位会计则需要根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制。相比之下，企业财务会计则均以权责发生制为会计核算基础。
第三，预算会计与企业财务会计在会计要素构成上也有所不同。预算会计要素分为五大类：资产、负债、净资产、收入和支出。而企业会计要素则更为复杂，分为六大类：资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。即使相同名称的会计要素，在预算会计与企业财务会计上也会存在较大差异。
最后，预算会计与企业财务会计的会计等式也不相同。预算会计的恒等式为：资产 支出=负债 净资产 收入。而企业财务会计的恒等式则为：资产=负债 所有者权益。
综上所述，新政府会计制度预算会计和财务会计在适用范围、会计核算基础、会计要素构成以及会计等式等方面存在明显的区别。
